RasMol 2.7.5
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Circa RasMol
Il progetto SourceForge OpenRasMol è un'aggiunta al progetto RasMol e OpenrasMol all'http://rasmol.org. Si spera che il progetto SourceForge OpenRasMol fornisca un comodo punto focale per contributi collaborativi attivi. Caratteristiche di RasMol: RasMol è un programma di grafica molecolare destinato alla visualizzazione di proteine, acidi nucleici e piccole molecole. Il programma è finalizzato alla visualizzazione, all'insegnamento e alla generazione di immagini di qualità della pubblicazione. RasMol funziona su una vasta gamma di architetture e sistemi operativi tra cui Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX e sistemi VMS. Le versioni UNIX e VMS richiedono un display Windows X a colori a 8, 24 o 32 bit (X11R4 o versione successiva). La versione X Windows di RasMol fornisce il supporto opzionale per una casella di chiamata hardware e una comunicazione accelerata della memoria condivisa (tramite le estensioni XInput e MIT-SHM) se disponibile sull'X Server corrente. Il programma legge in un file di coordinate della molecola e visualizza interattivamente la molecola sullo schermo in una varietà di combinazioni di colori e rappresentazioni di molecole. Le rappresentazioni attualmente disponibili includono wireframe depth-cued, bastoncini "Dreiding", sfere di riempimento dello spazio (CPK), palla e bastone, nastri biomolecolari solidi e a filo, etichette atomiche e superfici a punti. La versione X Windows di RasMol fornisce il supporto opzionale per una casella di chiamata hardware e una comunicazione accelerata della memoria condivisa (tramite le estensioni XInput e MIT-SHM) se disponibile sull'X Server corrente. Il programma legge in file di coordinate molecolari e visualizza interattivamente la molecola sullo schermo in una varietà di rappresentazioni e combinazioni di colori. I formati di file di input supportati includono i formati Protein Data Bank (PDB), Tripos Associates' Alchemy e Sybyl Mol2, il formato di file Mol di Molecular Design Limited (MDL), il formato XYZ (XMol) del Minnesota Supercomputer Center (MSC), il formato CHARMm, il formato CIF e i file in formato mmCIF. Se le informazioni sulla connettività non sono contenute nel file, vengono calcolate automaticamente. La molecola caricata può essere mostrata come legami wireframe, legami di stick cilindrici 'Dreiding', traccia alfa-carbonio, sfere di riempimento dello spazio (CPK), nastri macromolecolari (nastri solidi ombreggiati lisci o filamenti paralleli), incollaggio dell'idrogeno e rappresentazioni superficiali a punti. Gli atomi possono anche essere etichettati con stringhe di testo arbitrarie. Conformeri alternativi e più modelli NMR possono essere appositamente colorati e identificati nelle etichette atomiche. Diverse parti della molecola possono essere rappresentate e colorate indipendentemente dal resto della molecola o visualizzate in più rappresentazioni contemporaneamente. La molecola visualizzata può essere ruotata, tradotta, ingrandita e z-clipped (lastricata) in modo interattivo utilizzando il mouse, le barre di scorrimento, la riga di comando o una casella di quadrante collegata. RasMol può leggere un elenco preparato di comandi da un file 'script' (o tramite comunicazione tra processi) per consentire un rapido ripristino di una determinata immagine o punto di vista. RasMol può anche creare un file script contenente i comandi necessari per rigenerare l'immagine corrente. Infine, l'immagine sottoposta a rendering può essere scritta in una varietà di formati tra cui raster o vector PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT, Sun rasterfile o come script di input MolScript o Kinemage. È possibile accedere alla struttura di assistenza RasMol digitando "help" o "help