neuroConstruct è in fase di sviluppo nel Silver Lab presso il Dipartimento di Neuroscienze, Fisiologia e Farmacologia dell'UCL. neuroConstruct è stato progettato per semplificare lo sviluppo di reti complesse di neuroni biologicamente realistici, cioè modelli che incorporano morfologie dendritiche e conduzioni realistiche della membrana cellulare. È implementato in Java e genera file script per i simulatori NEURON e GENESIS, con supporto per altre piattaforme di simulazione (tra cui PSICS, MOOSE e PyNN) in fasi avanzate di sviluppo. Utilizza le più recenti specifiche NeuroML, tra cui MorphML, ChannelML e NetworkML. Lo sviluppo di questo software è stato reso possibile con il finanziamento del Wellcome Trust, del Medical Research Council e del Progetto Synapse dell'UE. Alcune delle caratteristiche principali di neuroConstruct sono: * neuroConstruct può importare file morfologici in formato GENESIS, NEURON, Neurolucida, SWC e MorphML per l'inclusione in modelli a singola cellula o di rete, oppure anche cellule più astratte possono essere costruite manualmente. * Creazione di reti di neuroni basati sulla conduzione posizionati in 3D * È possibile specificare modelli di connettività complessi tra gruppi di celle per le reti * Gli script di simulazione possono essere generati per simulatori basati su NEURON, GENESIS, MOOSE, PSICS e PyNN (nota: non tutti i progetti possono essere generati per ogni simulatore) * I meccanismi cellulari biofisicamente realistici (sinapsi/meccanismi di canale) possono essere importati da file script nativi (*.mod o *.g) o creati da modelli che utilizzano ChannelML * Generazione automatica di codice per registrare dati di simulazione e visualizzazione/analisi dei dati in neuroCostruzione * Le esecuzioni di simulazione registrate possono essere visualizzate e gestite tramite l'interfaccia del browser di simulazione * Un'interfaccia di scripting basata su Python può essere utilizzata per controllare la generazione e l'esecuzione di modelli, consentendo l'esecuzione di più simulazioni per l'ottimizzazione di celle e modelli di rete
cronologia delle versioni
- Versione 1.6.0 pubblicato il 2012-08-23
Dettagli del programma
- Categoria: Istruzione > Scienza
- Editore: University College London
- Licenza: Gratuito
- Prezzo: N/A
- Versione: 1.6.0
- Piattaforma: windows